Puede ser tanto de suelos como de aguas, pero tiene su importancia por la interacción con el terreno, es decir, con el subsuelo. La contaminación es debida a los residuos urbanos, a los peligrosos, a la salinidad (eutrofización) debida al vertido de aguas residuales sin depurar y al exceso de fertilización y fumigación de los cultivos de las vegas de los ríos -sobre todo en el acuífero nº 21 de la cuenca del Guadiana- y a los lixiviados provenientes de las minas de uranio, la mayoría de las cuales están siendo selladas y restauradas ambientalmente por parte de ENUSA.
En cuanto a los suelos, su contaminación se produce por inmisiones y vertidos. En Extremadura se está realizando un muestreo, cuyos primeros resultados indican una alta incidencia en la comarca de Tierra de Barros (por los alpechines y vinazas) y en los suelos aluviales de la cuenca del Guadiana (por excesivo uso de fertilizantes y biocidas en los cultivos asentados en sus terrazas), además de afecciones puntuales por hidrocarburos (talleres, estaciones de servicio y expedición de combustibles, etc.) y metales pesados (algunas industrias que utilizan ese tipo de sustancias).
Del Plan Director de Residuos resulta el control, cada vez más extendido, de las escombreras y demás depósitos de residuos, habiéndose implantado una serie de plantas de tratamiento y estaciones de transferencia de residuos urbanos y de demolición repartidas por toda la región.
De igual modo, la creación de los "ecopuntos" o "puntos limpios", lugares donde se procede a separar papel, vidrio, cartón, pilas y latas, va a solucionar gran parte del problema de aquellos residuos que, por su naturaleza y uso, son más difíciles de controlar.
La contaminación de aguas superficiales y subterráneas se debe exclusivamente a los vertidos incontrolados (residuos urbanos y peligrosos,así como a la fertilización agraria difusa). Los vertidos de residuos urbanos afectan, aunque en mucha menor medida que hace unos años, a toda la Comunidad Autónoma. La hiperfertilización agraria afecta a las vegas del Guadiana y del Tiétar y Alagón. En cuanto a los residuos peligrosos, es muy probable que se asocien a los residuos urbanos, ya que el vertido de este tipo de desechos no era selectivo por entonces. Actualmente existe un control muy exhaustivo de los residuos peligrosos, existiendo empresas con autorización administrativa otorgada por la Junta de Extremadura, y un registro de productores de residuos peligrosos.
En la contaminación de suelos la prevención parte del establecimiento de redes de control de emisiones.
En la contaminación de aguas la predicción viene de la mano de un detallado inventario de los focos contaminantes, así como de la contaminación agraria difusa. En las subterráneas deben realizarse estudios de vulnerabilidad de acuíferos.
La prevención debe llevarse a cabo a través de la realización de mapas de orientación al vertido de residuos sólidos urbanos, así como a los sondeos de control de calidad (como el sistema S.A.I.C.A.).
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